《Journal of Medicinal Chemistry》发表的研究有助于理解分子结构与生物活性或作用机制之间的关系。具体领域包括：* 新型生物活性化合物的设计、合成和生物学评估，诊断剂或作为药理学工具的标记配体。* 报告系列的分子修饰显著提高了对其构效关系（SAR）的理解。常规扩展现有系列而不使用新的化学或生物学方法，或不显著增加对该系列的SAR的基本理解，通常不会被接受出版。* 相关配体和靶标的结构生物学研究（如X射线、NMR等），旨在探讨生物活性化合物作用中的分子识别过程。* 大分子靶点的分子生物学研究（例如，定点诱变），可增强对分子识别的理解。* 计算研究提供了对当前普遍感兴趣的化合物系列的SAR的新见解，或对其他可用数据的分析，这些数据随后推动了药物化学知识的发展。* 实质上新颖的计算化学方法在生物活性分子的识别、优化或目标相互作用分析方面具有证明价值。* 分子结构对生物活性化合物的分布、药代动力学和代谢转化的影响。这可能包括新型前药的设计、合成和评估。* 广泛应用于药物化学的新方法，但前提是这些方法已经在相关分子上进行了测试。