《Journal of Molecular Evolution》是一本涵盖分子进化特征及相关过程的研究期刊。它发表实验、计算和理论方面的工作，研究从大分子系统的初始形成到它们在分子水平上的进化，以及它们在分子功能上的共同进化、细胞和有机体系统的相互作用，及其对有机体适应、物种形成和生态学的影响。讨论的主题包括信息大分子的进化及其与更复杂生物组织（如种群和分类群）的关系，以及物种生态相互作用的分子基础和利用分子数据推断进化过程的生态。该期刊涵盖的新领域包括基因组序列、比较结构和功能基因组学、群体遗传学、发育的分子进化、基因调控和基因相互作用网络的进化、DNA和RNA的体外进化、分子进化生态学和基因组学等。期刊还致力于开发能够进行分子进化推断的方法和理论，包括但不限于系统发育方法。