《Molecular Ecology》发表的论文利用分子遗传技术解决生态、进化、行为和保护等重要问题。研究可以使用中性标记推断生态和进化过程，或直接检查生态重要基因及其产物。我们不鼓励主要是描述性的、仅与正在研究的分类单元相关的论文。关于分子标记开发、分子诊断、条形码或DNA分类学及技术方法的论文应提交至我们的姊妹期刊《Molecular Ecology Resources》。同样，具有强烈应用重点的论文应提交给进化应用程序。分子生态学感兴趣的研究领域包括：种群结构和系统地理学、繁殖策略、亲缘关系和亲属选择、性别分配、种群遗传理论、分析方法开发、保护遗传学、物种形成遗传学、微生物生物多样性、QTL的进化动力学、生态相互作用、分子适应和环境基因组学、转基因生物的影响。