真菌生态学发表对真菌生态学各个方面的调查，包括以下（非排他性）：种群动态；适应;进化;在生态系统功能、养分循环、分解、碳分配中的作用；生态生理学；种内和种间菌丝体相互作用、真菌-植物（病原体、菌根、地衣、内生菌）、真菌-无脊椎动物和真菌-微生物相互作用；基因组学和（进化）遗传学；保护和生物多样性；遥感;生物修复和生物降解；定量和计算方面 - 建模、指标、复杂性、信息学。出版的通常先决条件是原创性、清晰性和重要性，这与更好地理解真菌生态学有关。