《Marine Genomics》期刊发表关于海洋和淡水生物的基因、染色质、染色体及（元）基因组的功能和进化方面的研究论文。该期刊的主题涵盖了更广泛的环境科学框架下的新基因组洞察，包括：种群基因组学与生态学、进化与发育基因组学、比较基因组学、宏基因组学、环境基因组学和系统生物学。具体研究主题包括水生生物的地理和系统发育特征、生物和群落的代谢能力与途径、生物地球化学循环、基因组学以及应用于微生物生态学的综合方法，如（元）转录组学和（元）蛋白质组学、传染病追踪、环境压力、全球气候变化和生态系统建模。